Początki powstania parku sięgają 1921 roku, gdzie jako prywatny rezerwat został utworzony wokół ruin zamku w Czorsztynie.Aktualnie park funkcjonuje w oparciu o rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 14 maja 1996 r., w 2003 r. ma powierzchnię 2346 ha i w dalszym ciągu powiększa się jego obszar poprzez wykupy. W skład wchodzą: Masyw Trzech Koron, Pieninki, Przełom Dunajca. Z Pienin Spiskich włączone zostały w obszar parku tylko Zielone Skałki. Na obszarze Pienińskiego Parku Narodowego występuje 1100 gatunków roślin naczyniowych, w tym 2 endemity: pszonak pieniński i mniszek pieniński. Występuje tutaj zaskakująco dużo, bo aż 167 gatunków roślin górskich, mimo że Pieniny mają niedużą wysokość. Opisano także ponad 400 gat. glonów, 230 gat. mchów, 550 gat. grzybów kapeluszowych, ponad 400 gat. porostów i ciągle opisywane są nowe gat. Osobliwościami, które na terenie Polski występują wyłącznie w Pieninach są także: pienińska odmiana bylicy piołunu, chaber pieniński, złocień Zawadzkiego czy jałowiec sabiński (poza Pieninami nie występuje nigdzie indziej w Karpatach Zachodnich). Osobliwością jest również reliktowa sosna, występująca w endemicznym zespole Calamagrostio variae-Pinetum. Urozmaicony teren i różnorodność warunków środowiskowych sprawia, że również świat zwierząt jest ciekawy. W Pieninach naliczono ponad 7 tys. gatunków zwierząt, w tym ok. 235 gatunków kręgowców. Z większych ssaków występują: borsuk, dzik, jeleń, ryś, żbik, kuna leśna, sarna. Dzięki występowaniu jaskiń, w których mogą zimować, bogata jest fauna nietoperzy, obejmująca aż 15 gatunków. Z gatunków naskalnych warto wymienić nagórnika, pomurnika, kopciuszka i gniazdującego również w skałach bociana czarnego.